生信软件：diamond - 简书
2019年10月9日 · diamond软件是NCBI推出的blast+升级版本（应该是的）。 寻找同源序列. 1.建库. 2.序列比对. 3.比对结果. 每一列是什么呢？ BLASTn output format 6. Column headers: qseqid …
Accelerated BLAST compatible local sequence aligner. - GitHub
DIAMOND is a sequence aligner for protein and translated DNA searches, designed for high performance analysis of big sequence data. The key features are: Pairwise alignment of proteins and translated DNA at 100x-10,000x speed of BLAST. Frameshift alignments for …
diamond大基因序列快速比对工具使用详解-包含超算集群多节点计 …
2023年11月30日 · Diamond是一款快速的序列比对工具，其使用方法如下： 1. 安装Diamond： 可从官方网站（https://github.com/bbuchfink/diamond/releases）下载安装包，并安装到本地电脑中。 当然还有docker，conda以及编译安装方式，一般用不上，但注意新版对gcc的要求高，出现gcc错误时可选择下载低版本的diamond或者升级gcc到指定版本以上。 2. 准备数据集： 首先需要准备用于比对的序列数据集，比如fasta格式的序列文件。 3. 运行Diamond： 其中，blastx表 …
blast | diamond 输出结果选择和解析 | 比对 - Life·Intelligence - 博 …
2018年3月19日 · diamond就选6吧，便于批量处理。 diamond 比对转录本到Pfam库的部分结果，可以看到，格式6非常适合做批量处理。 每一列是什么呢？ BLASTn output format 6. 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 比对结果的第三列和第四列非常有用，尤其是在鉴别软件stringtie等预测出来的转录本是否为有效转录本时，其实预测出来的转录本大部分都是没有意义的，但是又能部分hit到蛋白上，这时我们就只能选出比对最长的那个转录本，其余的可以看作是无效的转录本。 …
使用Diamond比对NR数据库获取物种注释 - CSDN博客
2024年12月23日 · 文章浏览阅读6.7k次，点赞13次，收藏20次。之前用Kraken2注释宏基因组的contig，发现只有30%左右可以被Kraken2注释不信邪，再用NR库试试。_diamond nr
diamond_docs/Documentation.MD at master - GitHub
DIAMOND is a sequence aligner for protein and translated DNA searches, designed for high performance analysis of big sequence data. The key features are: Pairwise alignment of proteins and translated DNA at 100x-20,000x speed of BLAST. Frameshift alignments for …
nd a file of DNA reads that we want to align named reads.fna. In order to set up a reference database for DIAMOND, the makedb. nary DIAMOND database file with the specified name (nr.dmnd). The align-ment . le here is specified with the -o option and named ma.
diamond v0.9.19 March 16, 2018 0 BLAST pairwise format. 5 BLAST XML format. 6 BLAST tabular format (default). This format can be customized, the 6 may be followed by
diamond/src/output/blast_tab_format.cpp at master - GitHub
OutputFormat::json : OutputFormat::blast_tab), HspValues::NONE, Flags::NONE), is_json (json) { static const unsigned stdf [] = { 0, 5, 23, 22, 25, 27, 13, 14, 15, 16, 19, 20 }; const …
3. Command line options | Diamond Community
2016年5月1日 · Commands are issued as the first parameter on the command line and set the task to be run by the program. Create a DIAMOND formatted reference database from a FASTA input file. Align protein query sequences against a protein reference database. Align translated DNA query sequences against a protein reference database.