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bulk RNA-seq | 下游分析 | GSVA与ssGSEA - 知乎 - 知乎专栏
2024年12月2日 · 单样本基因集富集分析(single sample gene set enrichment analysis, ssGSEA),原理上与GSEA类似,不同的是GSEA 主要用于检测不同实验组(如实验组和对 …
ssGSEA算法原理及应用TCGA数据 - 简书
2020年10月11日 · 本文介绍了ssGSEA算法的基本原理和实例演示,以TCGA数据集为例,分析了单个样本在不同基因集中的富集分数。ssGSEA是一种基于单个样本GSEA的方法,可以用于 …
免疫浸润 | ssGSEA 简述与实践 - 知乎 - 知乎专栏
本文介绍了单样本基因集富集分析 (ssGSEA) 的原理和使用方法,以及如何利用免疫细胞marker基因集计算免疫细胞浸润评分。ssGSEA 是一种基于基因表达谱的富集分析方法,可以将样本内的基因表达谱转换为基因集富集得分矩阵。
R语言分析2-2:免疫浸润分析(ssGSEA) - 简书
本文介绍了使用R语言进行免疫浸润分析(ssGSEA)的方法和步骤,以及如何可视化和比较不同样本的免疫细胞富集程度。ssGSEA是一种基于基因表达数据和免疫细胞基因集的富集分析方 …
RNA 20. SCI 文章中单样本免疫浸润分析 (ssGSEA)
2022年6月23日 · ssGSEAGEM 介绍 ssGSEAGEM引入了一个新的概念框架,用于将转录数据整合到基因组规模的代谢模型中,以准确预测模型的代谢表型。 (例如酿酒酵母)。 (例如酿酒酵母)。
GSVA、ssGSEA 和单基因富集分析 - CSDN博客
2024年5月31日 · 本文介绍了如何使用 R 语言对 TCGA 肺癌数据进行 GSVA、ssGSEA 和单基因富集分析,以及如何绘制富集分析的结果图。文章还对比了 GSVA 和 ssGSEA 的区别和优缺点,以及如何进行定性和定量分组分析。
干货分享|使用ssGSEA分析肿瘤浸润免疫细胞 - 简书
2023年12月16日 · 本文介绍了如何利用ssGSEA算法对肿瘤基因表达矩阵进行肿瘤浸润免疫细胞的分析,包括16种免疫细胞的基因集、R语言代码和绘图方法。ssGSEA是一种基于GSVA的方 …
ssGSEA (single sample Gene Set Enrichment Analysis)
ssGSEA (single sample Gene Set Enrichment Analysis) ssGSEA estimates the relative enrichment of a specific gene set in sample by comparing the gene expression data of each …
GO,KEGG,GSEA,ssGSEA傻傻分不清楚? - 知乎专栏
2021年8月1日 · 说到富集分析,相信每一个做过生信的小伙伴们都不陌生,及时自己没有亲自做过,也在几乎每一篇文献当中读到过,对go,kegg,gsea,ssgsea等等都非常熟悉,但是问题来 …